대학본부에서 행정 직제 개편이 현재 활발하게 논의 중이다. 행정직제 개편은 대내외 환경변화에 대응하기 위해 본부의 행정조직을 개편하여 인력배치를 효율적으로 하는데 의의를 두고 있다. 이를 위해 대학본부에서는 지난 2월부터 전홍채 1캠 부총장(공대 전자전기공학부 교수)을 위원장으로 하고, 최웅규 노조위원장과 김창수 기획조정실장(사회대 상경학부 교수) 등이 참여하는 행정직제개편위원회를 구성하여 운영 중이다. 직제 개편 내용에는 팀제 도입, 수당 체계와 인사고과의 개선, 행정직 호칭 변경 등이 있다.

몇 가지 개정안을 살펴보면 부처장에게 위임전결권과 회계전결권, 인사 고과평정권을 부여해 역할을 강화하고 책임행정을 구현하도록 한다.
또한 소규모 인원의 다단계 의사결정 과정이 행정력 낭비 문제로 제기됨에 따라 계장직제를 폐지하고 팀제를 도입한다. 변경된 개편안에 의하면 교무부처장 밑에 바로 학사운영팀과 교무팀으로 구성돼 운영하게 된다.
대외협력본부에서는 현재 1캠 부총장 산하의 사회교육본부에 소속되어 있는 한국어교육원이 대외협력본부장 산하로 개편되어 외국인 학생 관리와 입학 전후 한국어 교육을 맡게 된다. 입학처에는 입학부처장 산하에 입학관리팀과 입학기획팀 신설을 논의 중이다. 

대학본부는 지난 11일 행정 직제 개편안을 행정협의회에 상정하여 부서 명칭 등에 대해 각 부서의 의견을 수렴했고 지난 18일에는 교무위원회에 상정했다. 행정 개편의 법인 승인은 다음 달 예정 중이며 2007년 정기 인사에 적용하여 오는 7월달 부터 시행이 계획되어 있다.
한편, 행정 개편에 대해 각 이해관계에 따른 논란이 지속돼 대학 본부측과 노조 측은 계속적으로 협의 중이다.

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