공제회(회장：이종훈 총장, 이하 공제회)가 98년도 예산결산 결과 흑자로 돌아섰다. 회계과(과장：유재훈)에서는 공제회 결산 결과 90년 이후 처음으로 약 2천5백만원의 이윤을 남겼다고 밝혔다.공제회는 학교에 재직하고 있는 전임강사 이상의 교원과 서기보·기원·기사보 이상의 직원을 회원으로, 이들 회원의 공제회비(회원 월급에서 3%를 적립)를 바탕으로 회원간에 상부상조와 친목을 다지기 위해 만들어졌다. 이같은 설립취지에 부응하기 위해 공제회에서는 회원들의 복리후생에 관한 많은 사업을 벌여왔다. 구체적으로 회원들의 경조사에 규약에 따라 기부금을 지급했으며, 회원들을 대상으로 융자사업을 벌였다. 또한 퇴직자에게는 그간의 적립금과 이자를 가산하여 할증환부금을 지급해 왔다.그러나 퇴직자에 대한 과도한 가산금 지급과 대부금에 대한 이자율 조정의 실패로 90년 이후 계속해서 적자액만 누적시켜 온 것이 사실이다.이에 지난 해 교수협의회를 중심으로 학내에서는 공제회에 대한 문제제기와 효율성 재고를 위한 논의가 있었다.
당시는 공제회 기금이 2006년이면 바닥나 가산금 뿐만 아니라 원금을 받기도 힘들 것이며, 공제회가 파산하기 전에 공제회 운영을 중단하고 대책을 강구해야 한다는 주장까지 있었다.이런 상황 속에서 공제회는 자체적으로 운영개선을 위하여 규약개정소위원회, 운영개선소위원회 등을 구성하여 수차례에 걸쳐 회원들의 의견을 수렴하였다. 또한 지난 7월에는 총회 대신에 회원을 대상으로 설문조사를 실시, 그 결과를 바탕으로 지난 해 8월 24일자로 대부금에 대한 이자율 조정과 퇴직자의 할증환부금 지급률 하향 조정 등의 노력으로 1억1천8백만원의 자금을 절감했다고 밝혔다. 물론 현재는 이종훈 총장의 1억원 기탁의 한시적 효과가 크지만 이후 개선된 운영방식으로 상황은 더욱 호전될 것이라는 분석이다. 이와 관련 회계과 유재훈 과장은 “앞으로 당분간 흑자액은 적자액을 메우는데 쓰이게 된다”고 밝히며, “그러나 상황이 나아지는대로 이윤은 본래 목적인 회원들의 복지부분에 투자할 것”이라고 말했다.