공통적으로 발생하는 문제는 ‘저조한 투표율’이다. 이는 중앙대뿐만 아니라 연세대, 한양대, 서강대 등 상당수 대학에서 매년 고민하는 부분이다. 서강대의 경우 기준이 되는 유효 투표율을 타대보다 낮은 33.3%로 정했음에도 불구하고 저조한 투표율로 인한 연장 투표를 피하지 못하고 있다. 고려대에서는 투표율을 높이기 위해 ‘모바일 투표’제를 도입했다. 고려대 총학생회 한 관계자는 “고려대에서는 최근 몇 년간 투표율이 50%를 넘지 못해 연장 투표를 해왔다. ‘모바일 투표’제를 도입한 이후 연장투표 없이도 투표율이 50%를 넘었다”고 밝혔다. 또한 이화여대는 선거에 참여하는 학생들에게 도넛을 나눠주는 홍보 방법을 이용하여 투표율을 올리는 성과를 보였다. 한편 서울대에서는 거듭되는 연장 투표와 재선거로 인해 총학선거 시행 세칙 제34조인 ‘가투표수가 유권자의 과반수를 넘어야 개표를 시작할 수 있다’를 폐지하자는 주장이 지속적으로 제기되고 있다.
연장 투표 기간과 재선거도 골칫거리다. 고려대의 경우 2005년도 총학생회 선거 때 낮은 투표율로 인해 연장 투표를 치렀다. 당시 고려대의 총학생회 회칙과 선거시행 세칙에는 연장 투표를 직접적으로 언급하는 규정이 존재하지 않았다. 그러나 연장 투표까지 무산이 되면서 연장 투표 기간 세칙 명시에 대한 필요성이 제기됐고, 이후 고려대 총학에서는 “연장 투표를 포함하여 선거 기간을 5일 이내로 한다”는 세칙을 새롭게 제정하였다.
선거의 공정한 관리를 위해 중앙운영위원회는 관련한 모든 권한을 중앙선거관리위원회(이하 중선관위)에 위임한다. 그러나 중선관위가 공정한 업무 수행을 못할 시 제재할 기관이 없다는 것도 문제로 지적된다. 건국대에서는 중선위원장과 중선위원장이 임명한 2명, 그리고 각 선거운동본부의 사무책임자로 구성된 ‘감사위원회’를 만들어 중선관위를 제재할 수 있도록 하였다.
이 외에도 숭실대는 선거 중 파행을 막고 안전한 선거를 실시하기 위해 인증번호를 받아 전자기계로 투표하는 ‘전자투표제’를 시행하고 있다.