일반 초·중·고등학교는 교육부가 교육 방향성을 결정한다. 교육부는 교육 관련 최상위 부서이자 최고 전문가 집단이기 때문이다. 그러나 병원학교는 교육부의 논의 대상에서 빠져있다. 재정적 지원이 부족할 뿐만 아니라 일관적인 운영 지침조차 가지고 있지 않다.
병원학교 운영방식은 병원이 주체가 되어 운영하는 유형과 교육청에서 특수교사를 파견하는 유형이 혼재해 있다. 교육 프로그램 선정과 개발은 병원과 특수교사의 자율에 맡기는 실정이다. 병원과 특수교사가 협력하는 방식도 제각각이다. 결국 병원학교 전반적인 운용은 담당 병원과 지자체의 상황에 크게 좌우될 수밖에 없다. 심각한 문제다. 병원에 재정이 부족하거나 교육청에 인력이 부족할 경우 건강장애학생의 학습권은 방치되기 때문이다.
지방자치단체인 교육청 단위가 아니라 정부 차원에서 병원학교를 관리·지원할 방안을 고민해야 한다. 무엇보다 각 지자체 간 운영지침 통일이 시급하다. 병원학교 운영 유형을 정립하면 학생과 학부모의 혼란을 줄일 수 있다. 교육 프로그램과 교육 장소 관련 규정을 정비해 특수교사의 연구 부담을 덜어주고 특수교사가 병원과 협력하기 용이한 환경을 조성해야 한다. 더불어 응급 상황 시 행동 지침을 마련한다면 특수교사들이 의료 부담을 덜고 교육에 집중할 수 있다.
건강장애학생들에게 병원학교는 단순한 교육권 보장 이상의 의미를 지닌다. 병원학교는 교과교육 기능을 가질 뿐만 아니라 장기간 입원해서 치료를 받는 아동들이 질병의 고통이나 사회적 분리에 가지는 공포와 스트레스를 경감시킬 수 있다. 병원학교가 제 기능을 수행하기 위해 정부의 행정적 제도적 지원이 반드시 수반돼야 한다.